Specter est de retour dans le troisième jeu principal de la série Ape Escape. Avec l’aide d’un scientifique humain nommé Docteur Tomoki, Specter a lâché les singes à la télévision. Même les précédents héros de la série – Jimmy, Spike et le professeur – sont pris au piège de ces émissions insidieuses.

Kei et Yumi prennent la tête des nouveaux héros. Leur mission est de capturer les 400 singes. Vous contrôlez Kei ou Yumi. Le jeu consiste à utiliser diverses méthodes et armes pour les capturer tous. Le jeu comporte de nombreux niveaux avec des thèmes différents, tels qu’un château hanté, un niveau de course, des décors de jungle, des studios de télévision et d’autres décors. Vous pouvez ralentir les animaux à l’aide de divers objets tels qu’une massue paralysante ou un lanceur de balles, puis les capturer à l’aide d’un filet.

Les capacités de morphing, au nombre de huit, sont une nouveauté dans la série. Vous pouvez vous transformer en différents personnages, comme un chevalier et effectuer une attaque puissante, un combattant armé et tirer sur des ennemis, ou un ninja et courir le long des murs. Vous pouvez également utiliser des véhicules tels qu’une voiture de course pour renverser les singes. Le jeu comprend également la Monkeypedia et le mini-jeu Mesal Gear Solid (une parodie de Metal Gear Solid).