Le jeu se déroule dans le cadre de Battle Network (en particulier le premier titre de Battle Network), mais MegaMan.EXE et Geo Stelar (en tant que Mega Man) apparaissent ensemble et sont jouables. Le jeu est en grande partie identique au titre original à l’exception d’un chapitre supplémentaire impliquant l’apparition de Geo et une bataille contre un nouveau NetNavi nommé ClockMan. Cependant ce chapitre est complètement déconnecté du scénario du jeu et n’est plus mentionné par la suite. Dans le prologue, Harp Note est kidnappé par ClockMan.EXE (un NetNavi capable de voyager dans le temps en créant des trous de distorsion), qui s’échappe à l’ère Mega Man Battle Network 200 ans dans le passé. Le Dr Goodall prépare un trou de distorsion pour permettre au Star Force Mega Man de les suivre et l’avertit qu’il ne peut revenir à son époque que s’il trouve ClockMan.